另一方面，经费使用不合理。民办中小学办学资金的使用比较灵活，学校董事会及校长自主管理财务，但同时也存在滥用资金、缺乏财务监管等问题。一项调查显示，绝大部分民办中小学负债率在5%～10%，办学初期负债率较高，发展较好的学校负债率会逐渐降低。[17]现实中也存在民办中小学办学者抽逃资金等行为。由于多方面原因，民办学校资产和财务管理问题一直未引起审批机关、相关管理部门和办学者的足够重视，不少民办中小学的倒闭都与学校疏于财务管理导致资金链断裂有关。依法、依规、依章规范民办中小学资产和财务管理应是当务之急。
（三）师资门槛
民办中小学的发展质量取决于教师水平，教师是民办学校可持续发展的根基。但多年来，由于编制、教师待遇等因素的影响，民办中小学教师流动性较大，教师队伍结构不合理，影响了民办中小学的稳定发展。
